אביו: הראשון לציון רבי חיים נסים [חנ"א].
בתו (היחידה): בכורה (בעלה ר' בכור מסעוד אבוחבוט).
אחיו: ידידיה רפאל חי, ר' יצחק [השלישי] ומשה.
אחותו: שרה אסתר (בעלה המקובל רבי שלום משה חי גאגין).
סבא: ר' יצחק (מצד אביו).
נולד בשנת ה'תקצ"ט בטבריה (ישראל).
מילדותו שקד על לימוד התורה וניכר בכישרונותיו המיוחדים ובכושר זכרונו המופלא.
ביום בר המצווה שלו דרש במשך שעות לפני קהל המתפללים ובשובו לביתו החלו עיניו לדמוע ללא הפסקה ולפתע התעוור, אולם המשיך לשקוד יומם ולילה על לימוד התורה ונודע בחכמתו ובקיאותו בכל פרד"ס התורה [פשט, רמז, דרש, סוד].
בשנת ה'תר"ל יצא כשד"ר [שליח דרבנן] למרוקו יחד עם ר' יהודה רבוח ואסף כספים לצורך בניית בית כנסת על מקום קברו של התנא רבי מאיר בעל הנס בטבריה.
בחודש חשוון ה'תרס"א מונה ל"חכם באשי" ולרב הראשי בטבריה ומינויו אושר על ידי הראשון לציון רבי יעקב שאול אלישר והוואלי [מושל] מבירות (לבנון) אך באותה עת מונה גם ר' אהרן אלחדיף לראש רבני טבריה ומינויו אושר על ידי המושל מקושטא [קונסטנטינופול] (טורקיה).
ביתו היה פתוח לכל נזקק וקיבל כל אדם בסבר פנים יפות, סייע לעניים והשתדל לעודד נדכאים. ישן מעט מאוד וכל חצות לילה לאחר שאמר "תיקון חצות", המשיך באמירת תהילים ולמד משניות בעל פה ובקול רם, היות ולעיתים תכופות זוגתו התרעמה על כך שהדבר מפריע את שנתה אפילו כאשר למד בלחש העדיף לשכב בלילות בעליית הגג בה נהג ללמוד עם נכדו. התפלל תפילת שחרית בנץ, כתב חידושים ודרושים אך בענוותנותו לא הוציאם לאור ורבים נהרו להאזין לדרשותיו בהם נהג להוכיח את הציבור בדברי נועם.
עקב מחלוקת חריפה שהתגלעה בחודש כסלו ה'תרס"ב עם ר' אהרן אלחדיף בעניין שליחות לתוניסיה החליט להתפטר מתפקידו כ"חכם באשי". בשנת ה'תרס"ד מונה לראש הוועד לקהילת קודש טבריה.
בשנת ה'תרס"ז הקיץ משנתו לאחר שחלם כי הינו עומד להיפטר מהעולם והחל ללמוד תורה במהירות, נכדו שהתעורר לשמע קול לימודו הבחין כי משהו שונה בפניו ורץ לקרוא לאביו (ר' בכור מסעוד אבוחבוט). כאשר חתנו (ר' בכור מסעוד אבוחבוט) הגיע ביקש שיזעיקו רופא ולשאלתו כיצד הוא חש השיב כי אינו מרגיש דבר! ברך אותו ואת בניו, קרא 'קריאת שמע' וכעבור כשעה השיב את נשמתו ליוצרה.