אביו: ר' רפאל אליהו הלוי.
אמו: מרת קאלו וידא.
אשתו: מרת רבקה בת לונא.
בנותיו: וינטורא, חנה לאה ולונא.
אחיו: ר' ניסים שמואל.
אחותו: לאה.
מוריו: ר' יוסף נסים בורלא, הראשון לציון ר' יצחק קובו, ר' רפאל אליהו [אביו].
מתלמידיו: ר' בכור הלוי, ר' דוד נתן, ר' חיים שמואל נר, ר' ניסים מתתיהו יאחיה, ר' ניסים יוסף אלנקוה.

נולד בז' חשוון שנת ה'תקצ"ג בירושלים (ישראל) ונקרא 'חזקיהו'.
מילדותו למד עם אביו בשקידה עצומה והתפרסם כמתמיד בלימודו, בעל כישרונות מיוחדים וכושר זיכרון מופלא. נודע כבקי בתלמוד בבלי וירושלמי, מפרשים, פוסקים, זוהר ומדרשים ולחתונתו שהתקיימה בחודש אלול ה'תרי"א בירושלים הגיעו כל גדולי הדור. לאחר נישואיו נסמך על שולחן אביו והמשיך לשקוד על לימוד התורה אך לאחר שאביו נפטר בחודש אב שנת ה'תרי"ג במהלך שהותו בבגדד (עירק) נאלץ לדאוג לפרנסת אמו, זוגתו ושתי אחיותיו הקטנות ובתאם לעצת ר' חיים נסים אבואלעפיא עבר עם משפחתו להתגורר בקושטא (טורקיה) בביתם של קרובי משפחתו מצד אמו על מנת שיוכל להמשיך ללמוד ללא טרדות פרנסה. למד בשקידה גדולה בישיבת כולל אברכים, שהחזיק הגביר חיים ישראל רומאנו [מהכפר ביגלאר באשי] בביתו על חשבונו. אחד התלמידים התקנא בו על הצלחתו והתעלותו בלימוד ושיחד את המשרתת של הגביר שתוציא עליו שם רע. למרות שלא הגיב על ההאשמות, המשרתת סיפרה לו כי האברך שיחד אותה ואף על פי כן לא פרסם את מעשה האברך כי העדיף לסבול ולא לגרום עלבון לחברו, על כן מאותו יום זכה לחדש בתורה ביתר שאת וכתב את חידושיו בספריו "שדי חמד" שהתפשטו ברחבי תבל.
סבל מחולאים שונים ולאחר שהתרפא קרובי משפחתו הפסיקו לפתע לתמוך בו. לפרנסתו העניק שיעורים פרטיים לילדי עשירים ולאחר שהוציא לאור את ספרו "מכתב לחזקיהו" בשנת ה'תרכ"ה נודע בבקיאותו העצומה בכל התורה וחכמי קושטא הציעו לו לכהן כדיין אולם בכדי להמשיך בשקידתו יומם ולילה על לימוד תורת הנגלה והנסתר סרב להצעתם.
בשנת ה'תרכ"ז החל לכהן כרב ראשי בעיר קרסו-בזאר [בילוהירסק] (אז רוסיה). הציל את יהודי רפובליקת קרים מלהיטמע בקראים לאחר שהוכיח כי אין ליהודי קרים שום זיקה אליהם, ביטל מנהגים מוזרים שנשתרשו מתוך חוסר ידע ואמונות תפלות ותיקן תקנות שונות לשמירת הדת. ייסד ישיבה ולימד את אנשי הקהילה המבוגרים והצעירים שרובם היו חסרי ידע בסיסי ביהדות. הסתפק במשכורתו הפעוטה וגם כאשר השיא את בתו בשנת ה'תרמ"ח לא הסכים לקבל תוספת לשכרו.
בשנת ה'תרכ"ח נפטר בנו יחידו ולזכרו הדפיס בשנת ה'תרל"ד את הספר "אור לי".
בשנת ה'תר"ל ביקר בארץ ישראל, השתטח על קברי צדיקים ובשובו הביא עמו מעפר ארץ ישראל וכתב בצוואתו כי אם לא יזכה לשוב ולהיקבר בארץ ישראל שיפזרו על גופו עפר זה.
בשנת ה'תרל"ח חלה בעיניו והוסיפו לו את השם 'חיים' אולם גם לאחר שנתרפא לא חזר אליו מאור עיניו כבתחילה.
בשנת ה'תרל"ט פרסם ספר "בקשות" המכיל פיוטים.
יהודים מארצות שונות ומזרמים שונים החלו להפנות אליו שאלות הלכתיות ואף נוצרים ומוסלמים הפנו אליו בקשות להתפלל על נזקקים לישועה ורפואה. התפרסם כשונא בצע כסף ועשירים מארצות שונות שלחו לו את תרומותיהם הכספיות על מנת שיעביר אותן ליעדן. כאשר פורסם בשנת ה'תרמ"ז צו לגרש מרוסיה את כל הנתינים הזרים הצליחו מקורבים לשלטון להשפיע על שר הפנים להתיר לו להישאר במקומו על אף היותו נתין טורקיה.
למרות הפצרות אנשי הקהילה לבל יעזבם החליט לשוב לארץ ישראל ובה' תמוז שנת ה'תרנ"ט הגיע לנמל יפו, עלה לירושלים ולא הסכים לקבל כל משרה ציבורית בכדי שיוכל לסיים את כתיבת ספרו "שדי חמד" ללא טרדות. כאשר שמע כי חכמי הספרדים מעוניינים להציע לו לכהן כ"כחכם באשי" עבר להתגורר בחברון ולאחר פטירת ר' רחמים יוסף פראנקו הסכים לכהן במקומו כ"חכם באשי" ואב"ד [אב בית דין] הקהילה בחברון בתנאי שלא יטרידו אותו בענייני הקהילה. יחד עם ר' שמעון מנשה חייקין [רבה האשכנזי של חברון באותה עת] ערך מדי לילה תיקון חצות במערת המכפלה. נלחם בתנועת ההשכלה, פיקח על מוסדות החינוך התורני, ערך תוכנית וסדר לימודים לפי גילאי התלמידים, דאג להבאת מורים מומחים מחוץ לחברון, ייסד קופה לתמיכה בכל ילד שהגיע לגיל מצוות והוריו הסכימו שימשיך ללמוד במקום לצאת לעבודה. הקים "כולל" לאברכים וישיבה לצעירים ובכל שבת מסר שיעור בהלכה ובאגדה. נודע בענוותנותו והשתדל להיכנס לבית הכנסת כאשר ציבור המתפללים עומד בפסוקים "ברוך שאמר..." או "ה' מלך...", נהג לעלות לקריאת התורה בפרשת ה"תוכחה" ולבקר בבתי האבלים ובבתים בהן היה אירוע של שמחה. כל יום שישי טבל במקווה ורכש משהו לכבוד שבת. נזהר מאוד לא ליהנות ממתנת בשר ודם וחסך מכספו על מנת להעניק צדקה לנזקקים. ייסד קופת הלוואות "חן וחסד" בכדי לסייע לעניי חברון. גם המוסלמים כיבדו אותו וכאשר ועדה ציבורית מטעמם החליטה לגבות באופן תוקפני מיסים שזמנם עבר הזמינו אותו להתייצב בפני הוועדה, עם הופעתו אנשי הוועדה התייחסו אליו בכבוד גדול והתנצלו על שהטריחו אותו להגיע, ראש הוועדה הודיע לו כי החובות מחוקים וביקש את ברכתו.
בשנת ה'תרס"ד פעל לביטול תוכנית לייסד בית ספר חילוני מטעם תנועת כי"ח [כל ישראל חברים].
בחודש חשוון ה'תרס"ה חלה במחלה אנושה ולבקשתו תלמידיו למדו בחדרים הסמוכים לחדרו בכדי שישמע את קולם. ביקש מכל מי שיודע על עוון כלשהו שיש בידו שיודיע לו כדי שיוכל להתוודות עליו, כתב נוסח לחרות על המצבה וציווה לא לכתוב על המצבה שבחים וביום שישי אחר הצהריים – ערב חנוכה השיב את נשמתו ליוצרה.
כשנה וחצי לאחר פטירתו בקיץ ה'תרס"ו גילו שקברו פתוח וכי ניסו להוציא את גופתו על ידי שמשכו ברגליו. כל תושבי חברון הגיעו לבית החיים ולתדהמת הקהל גופו היה שלם והתכריכים היו לבנים ללא כל כתם.
מספריו:
• אור לי (ק)
• מכתב לחזקיהו: חידושיו בש"ס ופוסקים (ק)
• שדי חמד (ק1/ק2/ק3/ק4/ק5/ק6/ק7/ק8/ק9)

התמונה באדיבות בית חב"ד חברון