אביו: הראשון לציון המקובל רבי ישראל יעקב.
בנו: ר' יעקב.
מוריו: אביו, הרש"ש ור' יונה נבון.

נולד בשנת ה'תפ"ז באיזמיר (טורקיה).
עלה בילדותו עם משפחתו לארץ ישראל התגוררו בירושלים ואביו כיהן כראשון לציון. למד בישיבת "בית א-ל" וניכר בחוכמתו ובעמקות ידיעותיו. בשנת ה'תקי"ח החל ללמוד עם חכמי ישיבת "נוה שלום" ומונה כחבר בבית הדין הגדול בירושלים.
בשנת ה'תק"ל יצא יחד עם ר' יעקב חזן כשד"ר לאירופה וצפון אפריקה. במהלך שליחותם מצאו כתב יד של הרמב"ן עליו כתב ר' יום טוב את ספרו "הלכות יום טוב". לאחר כ – 5 שנים שבו לארץ ישראל ובשנת ה'תקמ"ב לאחר הסתלקות הרש"ש החל לכהן כראש ישיבת המקובלים "בית א-ל" יחד עם ר' יצחק שרעבי, כיהן כרב ודיין ומונה לתפקיד הראשון לציון.
השיא את בנותיו לר' מרדכי יוסף מיוחס אשר כיהן אחריו כראשון לציון (בעל "שער המים"), לר' ניסים פרחי ולר' שלמה חסן. בשנת ה'תקנ"ז בנו (ר' יעקב) שהנהיג את הקהילה היהודית בחברון נלקח בשבי על ידי נושים ערבים בגין חוב של הקהילה ור' יום טוב פעל רבות לשחרורו.
בשנת ה'תקנ"ח ביקר כשד"ר באיסטנבול (טורקיה) אך כאשר נודע לו כי הטורקים חושדים שיהודי ירושלים מרגלים לטובת הצרפתים והערבים מתכוננים לעשות פרעות בעת שהצרפתים ישימו מצור על העיר, שב מייד לירושלים וסייע לרבי נחמן מברסלב ששהה באותה עת בטורקיה לצאת יחד עמו בספינה לארץ ישראל. עם הגיעו דאג שיהודי ירושלים יבצרו את חומות העיר נגד הצרפתים ובכך שיכך את הזעם.
הסתלק בשנת ה'תקס"ב.
מספריו:
• הלכות יום טוב: על היד החזקה
• יום טוב דרבנן: דרושים
• קדושת יום טוב: שו"ת (ק)
• שמחת יום טוב: שו"ת (ק1/ק2)