אביו: ר' משה (בעל "לקח טוב").
סבא: ר' לוי (מצד אביו), ר' ישראל די קוריאל (מצד אמו).
מורו: האר"י.

נולד בשנת ה'ש"י לערך בצפת (ישראל) למשפחה שמוצאה מהעיר נג'רה (ספרד) ועל שמה נקראת משפחתו.
מילדות החל בכתיבת שירים. למד בישיבת אביו בצפת וזכה ליחס מיוחד מהאר"י אשר אמר לו כי המלאכים יורדים לשמוע אותו בעת כתיבת שיריו וכי הוא ניצוץ מנשמת דוד המלך.
בגיל 25 עבר עם משפחתו לדמשק (סוריה), למד טורקית וערבית ולאחר פטירת אביו מונה לסופר הקהילה – ניסח וכתב את מכתבי הקהילה ועמד בקשר עם קהילות אחרות. עבר למצרים ולעת זקנתו חזר לארץ ישראל התגורר בעזה וכיהן כרב הקהילה היהודית. כתב פיוטים רבים והתאים מנגינות עממיות אל שירת הקודש על מנת להעלות צורות שיריות אלו אל הקודש ולגרום לבני הקהילה להחליף את מילות השיר המקורי בנוסח עברי המכוון כלפי שמים, אך חלק מפיוטיו גרמו להתנגדות בקרב בני דורו, כגון מנחם די לונאנו אשר טען כי סגנונו זר לרוח ישראל ור' חיים ויטאל אשר התנגד למעשיו אך לא לפיוטיו. חלק מפיוטיו שולבו בסדר התפילות, כגון: 'י-ה רבון עלם' [להאזנה] אותו כתב בארמית ובמועדים שונים במהלך השנה 'אנא הושע' 'אשיר עוז' 'יודוך רעיוני' [להאזנה] 'יושב בכסא הוד' 'יעלה בואי לגני' 'יערת דבש'.
בשנת ה'שפ"ח השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• זמירות ישראל (ק)
• כלי מחזיק ברכה: על ברכת המזון
• מי המרים: קינות ואגרות ניחומים
• מימי ישראל: אוסף מכתבים ושירים
• מערכות ישראל: פירוש על התורה
• מקוה ישראל: דרשות (ק)
• משחקת בתבל: אגרת על חיי האדם והעולם
• פצעי אוהב: פירוש על איוב
• שארית ישראל
• שוחטי הילדים: דיני שחיטה בחרוזים (ק)
• שו"ת