אביו: המקובל רבי משה.
אמו: חנה.
אשתו: מרת צ'חלה רחל.
בניו: כד'ורי, משה, עבדאללה, ר' שאול ושמעון.
בנותיו: כתון, לולו (בעלה דוד כלף עובדיה), מסעודה (בעלה ר' עזרא עבאדי-דהב), רבקה (בעלה משה לוי) ושמחה (בעלה ר' יעקב פתיה).
אחיו: עבודי, ר' ראובן ושלמה.
אחיותיו: פרחה, צלחה, רימה, תפאחה.
סבא: ר' ישועה (מצד אביו), ר' כד'יר נאווי (מצד אמו).
סבתא: שרח (מצד אביו), סלחה (מצד אמו).
מוריו: חכם עבדאללה סומך, חכם ראובן יוסף בלבול.
מתלמידיו: המקובל רבי אברהם ברזאני, ר' דוד טופיק, ר' יהושע משה, ר' יחזקאל עזרא הלוי (בעל "ערוגות הבשם"), ר' יצחק דרזי, ר' יצחק מכמל, ר' מאיר לוי, המקובל סלמאן מוצפי, ר' סלמאן שהרבאני.

בנו השני של המקובל ר' משה ישועה נולד ביום שישי ב' שבט ה'תרי"ט בבגדד (עירק).
בילדותו למד ב"מדרש תלמוד תורה" ולאחר שעבר ל"מדרש בית זילכה" נודע כבקי עצום בש"ס ופוסקים. נטה לפרישות ובגיל 7 החל ללמוד את חכמת הקבלה בסתר, כאשר אביו גילה את הדבר קיבל רשות מרבי יוסף חיים (בעל ה"בן איש חי") ללמדו ולמד עמו את ספר ה"זוהר" וכתבי האר"י עד שידע אותם בעל פה.
ניכר במידותיו הנעלות ובאהבת ישראל גדולה, התרחק משררה והנאות שונות והסתפק במועט. בגיל 17 נתבקש לעבור לפני התיבה בבית המדרש של ר' עבדאללה סומך ולאחר שאחד הנוכחים טען כי צעיר שלא נתמלא זקנו לא ממנים כשליח ציבור קם ר' עבדאללה סומך ממקומו וסמך אותו כרב ומורה הוראה.
נשא לאשה את מרת צ'חלה רחל לבית סלטון ונולדו להם 13 ילדים אולם שמונה מהם נפטרו בחייו, חלקם תינוקות.
בגיל 23 כתב את הפירוש "אפיקי מים" על ספר "עץ חיים" לרבנו האר"י ז"ל. בגיל 25 התפרסם כגאון בתורת הנגלה ובתורת הנסתר ובקי בטיב השמות והלחשים אך לא השתמש בקבלה מעשית. כתב את חיבורו הראשון על-פי תורת הנסתר ["יין הרקח"]. שימש כמגיד שיעור בגמרא בבית המדרש, נהג להתפלל בבית הכנסת "מנשה צאלח" בבגדד וכונה "חכם יהודה" [ללא הזכרת שם משפחתו]. מונה לראש ישיבה ב"מדרש בית זילכה" ובשנת ה'תרפ"ה הרחיב את הישיבה ולימד קבוצת תלמידי חכמים את תורת הנסתר למרות הנוהג ללמוד תורה זו בהסתר ובפרטיות. עמד גם בראש ישיבת לומדי לילה שהייתה בבית הכנסת "מסעודה אליהו ראובן". השתדל להסתיר את ידיעותיו בקבלה אך בעקבות מנהג שנתפשט בין נשות בגדד שמקורו מן הגויים ולאחר שכל רבני בגדד ניסו ללא הועיל להפסיק ולאסור את המנהג הנ"ל, פרסם שכל מי שיש לה חולה בביתה ותקבל על עצמה לחדול מהמנהג הנ"ל תבוא אליו והוא יתפלל על החולה שיבריא. רבים עשו כדבריו וכאשר ראו כי החולים מייד מבריאים התפרסם כפועל ישועות.
פעמיים עלה לירושלים (ישראל) אך היות ומזג האוויר לא התאים לבריאותו שב לבגדד. בשנת ה'תרצ"ד עלה לירושלים בפעם השלישית והתיישב בשכונת "בית ישראל" ברחוב יוסף קארו. עבר לרחוב השקמה בשכונת "מחנה יהודה" ושקד על לימוד הקבלה.
כונה בפי חלק מהמקובלים "הארי מבבל" ונודע כבקי בפתרון חלומות, כתיבת קמעות ועריכת "תיקונים" ונהג להתענות ולהתפלל בבכייה גדולה לפני כל קמע שכתב. הוציא רוחות שנכנסו באנשים, כתב פיוטים וחיבורים על-פי הקבלה ורבים נהרו לקבל את עצתו וברכתו.
בתקופת מלחמת העולם השנייה פעל לעצירת התקדמות הנאצים לארץ ישראל. ארגן קבוצות של מקובלים שיתפללו בקברי צדיקים ברחבי ארץ ישראל, ערך תפילות מיוחדות יחד עם קובץ מקובלים ושכר כלי טיס שהקיף את ארץ ישראל פעמים אחדות ובמהלך ההקפות עשה כפרות יחד עם מקובלים נוספים ששהו עמו במטוס.
בז' שבט ה'תרצ"ז חלה ואושפז בבית הרפואה "שערי צדק" בירושלים. לאחר שמצבו החמיר המקובל רבי סלמאן מוצפי התפלל לרפואתו בציון רחל אמנו אך הרגיש כי לא נפתחו שערי רחמים לתפילתו, על כן ערך "ייחודים" ואמר כי הוא מעניק מרצונו במתנה גמורה 5 שנים משנות חייו למורו ורבו. בשובו לבית הרפואה נוכח כי מצב בריאותו הוטב ובכ"ז שבט הבריא ושב לביתו.
כעבור 5 שנים, ביום שני שנת ה'תש"ב השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• אסירי התקוה: תפילות
• אפיקי מים: על "עץ חיים"
• בית לחם יהודה: על "עץ חיים" (ק1/ק2)
• חסדי דוד: בקשות ותפילות
• יין הרקח: על ה"אדרא רבא" וה"אדרא זוטא"
• כתר צדיק: על חמישה חומשי תורה וחלק מהנביאים
• מנחת יהודה: על התנ"ך (ק)
• מקיץ נרדמים
• מתוק לנפש: על סבא דמשפטים
• עטרת רחל: על פרקי אבות
• רוחות מספרות (ק)

תמונת הצדיק באדיבות נין הצדיק - ר' יהודה עובדיה פתיה ©