אביו: ר' שמואל.
בנו: ר' מרדכי יוסף [מי"ם].
סבא: ר' משה (מצד אביו), ר' ישראל יעקב חגיז (מצד אמו).

נולד בשנת ה'תנ"ה בירושלים (ישראל). עמד בראש ישיבת "בית יעקב". קבע את יום ט"ז אדר כ"פורים של יוחסין" בו נהגו הוא ויוצאי חלציו לקרוא את "מגילת יוחסין" לזכר הניסים שאירעו לו בדרכו חזרה לירושלים בשנת ה'תפ"ג. בדרכו לארץ ישראל ממסע לאיסוף תרומות עבור יהודי ירושלים התנפלו עליו 9 שודדים, הרגו את חמורו, לקחו את רכושו ובגדיו, הפליאו בו את מכותיהם וכאשר חש כי סופו קרב החל לומר "קריאת שמע". אחד המתקיפים שלף את חרבו אולם כאשר נגעה החרב בצווארו נשברה לשניים, שותפיו החלו בזה אחר זה לנסות את חרבותיהם אולם כל החרבות נשברו כאשר נגעו בצווארו. לאחר זמן קצר שבו השודדים אל ר' רפאל שנותר לבד במדבר ביקשו מחילה, החזירו לו את חפציו וספרו כי לאחר שנטשו אותו גופם נזדעזע ולפתע לא יכלו לזוז ממקומם.
כיהן כראש רבני ירושלים, אב"ד ובשנת ה'תקט"ז מונה לתפקיד ה"ראשון לציון".
בשנת ה'תקל"א השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• מזבח אדמה (ק)
• מנחת בכורים (ק)
• פני האדמה (ק)
• פרי האדמה (ק1/ק2/ק3)