בנו: ר' יאשיהו [הרי"ף].
אחיו: ר' שאול.

שם משפחתו המקורי עד גירוש ספרד היה "גאון" אך בצוק העיתים נאלצה המשפחה לשנות את שמה ל"פינטו" על שם עיר נמל בדרום ספרד. בגירוש ספרד עבר יחד עם ר' שלמה פינטו לפורטוגל ובגירוש פורטוגל עברו שניהם לאנקונה (איטליה). שמם הטוב התפרסם במהרה והאפיפיור כפה על ר' שלמה לערוך וויכוח בענייני דת ואמונה עם חכמי דתו, לאחר שהובסו החליט להעלות על המוקד את כל גולי פורטוגל שהגיעו לאנקונה אם יסרבו להמיר את דתם. ר' שלמה הועלה על המוקד במרכז העיר ור' יוסף הצליח להימלט בסיוע הטורקים והגיע לדמשק (סוריה). עסק במסחר והתעשר ור' יוסף ויטאל [אביו של ר' חיים ויטאל] נתן לו את בתו לאישה למרות גילו המתקדם ובשנת ה'שכ"ה נולד בנו (הרי"ף).