אביו: המקובל ר' סלימאן.
אמו: הרבנית מזל.
אשתו: הרבנית צביה חנה.
בניו: הרב שמואל, הרב יוסף ועו"ד שלמה.
בתו: הרבנית מרב (בעלה ר' דניאל עמור).
אחיו: ר' נעים, ר' שמעון.
אחותו: מרת רחל.
סבא: יוסף (מצד אביו), ר' שאול צדקה (מצד אמו).
סבתא: הרבנית שמחה (מצד אמו).
מוריו: הראשון לציון ר' יצחק ניסים, ר' עזרא עטייה.
מתלמידיו: ר' דוד חי כהן, ר' מנחם בורשטין, ר' שמואל זעפרני.

נולד בכ"א אדר א' ה'תרפ"ט בעיר העתיקה בירושלים (ישראל).
למד בתלמוד תורה ["כותאב"], לאחר שאביו נפטר בהגיעו לגיל 11 עבר ללמוד בישיבת 'פורת יוסף' וקיבל על עצמו לא לאכול בשר בהמה לעולם. התפלל תפילת שחרית בנץ ולמד בישיבה שעות ארוכות ברציפות, בשובו לביתו אסף מבתי הכנסת שאריות של נרות בכדי להכין נרות חדשים ובדמי הכיס שהרוויח רכש קרח. בלילות התיישב תחת השולחן על מנת לא להפריע לבני משפחתו את שנת הלילה, המשיך לשקוד על לימוד התורה לאור הנר ובכדי שלא יירדם ויוכל ללמוד זמן רב יותר טבל את רגליו במי קרח.
נודע בתפיסתו המהירה, זכרונו המופלא, טוב לבו ומידותיו הנעלות. מעת לעת נסע למירון ובמשך שבועות אחדים נשאר ללמוד בציון רשב"י ובגיל 17 סיים ללמוד את כל התלמוד הבבלי.
במלחמת השחרור נמנה על קבוצת צעירים שסייעה לכוחות המגן של הרובע היהודי ע"י הקמת ביצורים. בשנת ה'תש"י הצטרף למחתרת שניסתה למנוע חוק גיוס חובה לכל הבנות [גם הדתיות והחרדיות]. כונה בשם 'יאיר' ועסק בקבלת חברים לקבוצה, בגיוס הון, ובאיתור מקומות מחבוא לנשק אולם לאחר שנעצר בחודש אייר ה'תשי"א עם עוד 40 מחברי הארגון ונידון לעשרה חודשי מאסר הצהיר כי בדורנו זו אינה הדרך המתאימה להחדרת התורה לעם.
בעצת הראשון לציון ר' יצחק ניסים ניגש למבחני הרבנות הראשית לישראל וקיבל סמיכה לרבנות.
בגיל 24 נשא לאישה את בתם של ר' נסים דוד ואביגיל עזראן ועל מנת לסייע לזוגתו בפרנסת הבית עבד שעתיים ביום כמחנך בתלמוד תורה, למד לדיינות ובגיל 28 מונה לדיין הצעיר ביותר בארץ ישראל. משנת ה'תש"ך כיהן כדיין בבית הדין הרבני בבאר שבע, חיבר תפילה לשמירה ולהצלחה בעבודתו בקודש, כעבור 4 שנים עבר לבית הדין הרבני בירושלים ובשנת ה'תשכ"ז מונה לדיין בבית הדין הרבני הגדול. בהוראת ר' יצחק נסים פעל להעלאת עצמותיו של החיד"א מהעיר ליוורנו (איטליה) ולהטמנתם בהר המנוחות בירושלים בכ' אייר ה'תש"ך.
למד אצל ר' אברהם ישעיה קרליץ [ה"חזון איש"], רבי ישראל אביחצירא [ה"בבא סאלי"], המקובל ר' מרדכי שרעבי, אדמו"ר רבי מנחם מנדל שניאורסאהן [לצפיה] ועוד.
על פי הוראת ר' ישראל אביחצירא ולבקשת אדמו''ר רבי שמחה בונם אלתר מגור ואדמו''ר רבי מנחם מענדל שניאורסאהן מליובאוויטש הגיש את מועמדותו בבחירות לרבנות הראשית ובב' תמוז ה'תשמ"ג הוכתר בבית כנסת רבן יוחנן בן זכאי שבעיר העתיקה בירושלים לרב הראשי לישראל והראשון לציון.
ביקר וערך הרצאות במושבים, קיבוצים ובתי ספר ממלכתיים לא דתיים ופעל לקירוב יהודים לתורה ולמצוות בדרכי נועם. הגיע לקהילות יהודיות בעולם והדריך את ראשי הקהילה בפעולות למניעת התבוללות, חיזק את ידיהם בשמירת שבת, חינוך הילדים וטהרת המשפחה וקרא ליהודים לעלות לארץ ישראל. ייחס חשיבות רבה והקדיש מזמנו למפגשים עם ילדים ובני נוער. בכל לילה ערך תיקון חצות, ישן מעט מאוד ולאחר שטבל במקווה טהרה התפלל תפילת שחרית בנץ על פי כוונות האר"י והרש"ש, התפלל לביטול גזירות מעל עם ישראל ופעמים רבות קרא לעצרות תפילה. למרות סדר יומו העמוס שקד בכל רגע פנוי על לימוד התורה ומידי שנה חזר ושינן את חלק "יורה דעה" בשולחן ערוך. שמר על קדושת העיניים והרכיב משקפיים אשר לבקשתו הופחתו מהם 4 מספרים על מנת שיראה למרחק קצר מאוד. הקפיד על כשרות המאכלים, בשר עוף אכל רק משחיטה שנכח בה ומשני שוחטים שבחר אישית, כאשר נסע או טס לקח עמו אוכל שבישלה זוגתו ולא אכל מוצרי חלב המעורבים בהם אבקת חלב נוכרי. מינה רב שנסע לאיטליה ללמוד את תהליך היצור של אבקת חלב ומאז החלו להשתמש במוצרי חלב שונים באבקת חלב ישראל. דאג למזון עבור משפחות נזקקות ושלח מעטפות עם כסף לעניים ולתלמידי חכמים.
למרות שהשתדל להסתיר את הנהגותיו ומעשיו, התפרסם כמקובל הבקי בכל חלקי התורה ופועל ישועות. מכל העולם פנו אליו בשאלות הלכתיות, ביקשו את עצתו ואת ברכתו בנושאים שונים וגם כאשר התקשרו לביתו באישון לילה שוחח באופן אישי עם המתקשר ומייד החל להתחנן ולהתפלל בבכיות על מנת לפעול את הישועה הנדרשת.
בשנת ה'תש"ן הקים את בית המדרש "דרכי הוראה לרבנים" להכשרת אברכים לרבנות ודיינות, ערך את תוכנית הלימודים, מידי שבוע מסר שיעורים ומינה את בנו (ר' יוסף) לנהל את בית המדרש.
בשנת ה'תשנ"ג סיים את כהונתו כרב ראשי והחל לכהן כנשיא "קרן מורשת" שעסקה בפעילות ציבורית ופעלה להקמת בתי מדרש, כוללים, ישיבות גבוהות וישיבות הסדר וכנשיא כולל "דרכי הוראה לרבנים".
מדי שבוע פרסם מאמר קצר בעלון פרשת השבוע של "תנועת מעייני הישועה", בכל יום שני מסר בשעות הערב שיעור בהלכה ואגדה בבית הכנסת בשכונת קריית משה בירושלים. הדגיש את הצורך לשמור על נצחיות התורה, לתקן תקנות בהתאם לצורכי הדור ובעיותיו ופסק כי ביום העצמאות יש לומר 'הלל' בלא ברכה ולא לומר תחנון. כיהן כדיין בבית דין שהוקם על-ידי מספר מקובלים אשר התכנס אחת לשנה בכדי לפסוק שהגיע זמן הגאולה.
בליל שביעי של פסח ה'תשס"ח הובהל לבית הרפואה 'שערי צדק' בירושלים ועבר ניתוח, במשך כשנתיים אושפז מספר פעמים בבית הרפואה 'שערי צדק' בעקבות התקפי לב ובכל פעם שהביאו מביתו את הגלימה שהעניק לו ר' ישראל אביחצירא [ה"בבא סאלי"] מצבו השתפר. במהלך שהותו בבית הרפואה המשיך לשקוד על לימוד התורה ולהתפלל וביום שני שנת ה'תש"ע השיב את נשמתו ליוצרה.
מאות אלפים השתתפו בלוויה, את המצבה על קברו בנו מאבנים מארבע ערי הקודש ומקבר יוסף, יחד עמו נקברו פסקי בית הדין של המקובלים בכדי שיעביר אותם ל"בית דין של מעלה" ויתבע להביא את הגאולה.
מספריו:
• אמרי מרדכי: על שולחן ערוך
• דברי מרדכי: ירח האיתנים
• דברי מרדכי: על התורה
• דרך התורה: על הלכות קריאת התורה
• דרכי הלכה: על קיצור שולחן ערוך
• דרכי טהרה: הלכות נידה וטהרת המשפחה
• ויאמר מרדכי
• מאמר מרדכי: על המועדים
• מאמר מרדכי: דיני שמיטה
• מאמר מרדכי: יום הילולת הבן איש חי
• מן המותר בפיך: בדיקת מזון מתולעים
• ספר ההלכה
• צרור החיים: הלכות אבילות
• קול אליהו: סידור תפילה
• קול יעקב: מחזור לחגים
• קיצור דרכי טהרה
• קריאי מועד
• שו"ת הרב הראשי
• שו"ת מאמר מרדכי
• שו"ת דברי מרדכי

תמונת הצדיק באדיבות ר' משה ברכה - "האתר הרשמי"