אביו: ר' יעקב.
אשתו: הרבנית בתיה מרים (בזיווג שני).
בניו: ר' חיים ור' יעקב (מזיווג ראשון). ר' מאיר (מזיווג שני).
מתלמידיו: חיים (בנו), מאיר בר אילן (בנו), ר' אברהם יצחק הכהן קוק ור' איסר זלמן מלצר.

ר' נפתלי צבי יהודה המכונה הנצי"ב מוולוז'ין נולד בשנת ה'תקע"ז. בהגיעו לגיל 13 אביו חיתן אותו עם בתו של ר' יצחק (ראש ישיבת "עץ חיים" בוולוז'ין) ור' נפתלי צבי יהודה המשיך גם לאחר נישואיו לשקוד על לימוד התורה. לאחר פטירת ר' יצחק התמנה חתנו הראשון לראש הישיבה והנצי"ב שימש כסגנו. בשנת ה'תרי"ג גיסו של הנצי"ב הסתלק ובמקומו מונה הנצי"ב לראש הישיבה יחד עם ר' יוסף סולובייצ'יק אך עקב חילוקי הדעות ביניהם ר' יוסף נאלץ לעזוב והנצי"ב המשיך לכהן כראש ישיבת "עץ חיים" במשך כ – 50 שנה. בשיטת לימודו המיוחדת משך אל הישיבה מאות תלמידים, קבע כללים לפיהם ניתן להסיק דברים מהמקרא, לימד כל יום את פרשת השבוע כחלק ממערכת הלימודים היומית והשיב תשובות הלכתיות.
היה חבר פעיל בתנועת "חיבת ציון" ובשנת ה'תר"ן הוקמה בידיעתו אגודת "נצח ישראל" בישיבה אותה ניהל. בהיותו בגיל 50 נישא בשנית עם בתו של ר' יחיאל מיכל הלוי אפשטיין (בעל "ערוך השולחן") אשר הייתה כבת 20 לאחר השתדלות אחיה (ר' ברוך) בעניין.
בזקנותו ביקש למנות את בנו (ר' חיים) כראש הישיבה במקומו אך בעקבות התנגדות של מספר תלמידים הגיע העניין לשלטון הרוסי אשר החל להתערב בענייני הישיבה. הנצי"ב הסכים ללימוד השפה הרוסית מחוץ לכותלי הישיבה בתנאי שהדבר יעשה ע"י מורה ירא שמים, אך שר החינוך הרוסי דרש שלא ילמדו יותר מ-10 שעות במשך היום, שלא יהיו לימודים בערב, שילמדו לימודי חול ברוב שעות היום ושצוות הישיבה יהיה בעלי תעודות. הנצי"ב לא הסכים לדרישות אלו ובשבט ה'תרנ"ב הישיבה נסגרה. התמוטטות מפעל חייו והדאגה הרבה בשל החובות הכבדים של הישיבה השפיעו על מצב בריאותו שהתדרדר, מנע ממנו לממש את רצונו לעלות לארץ ישראל וכעבור כשנה וחצי בשנת ה'תרנ"ג השיב את נשמתו ליוצרה.
על שמו נקרא קיבוץ "עין הנציב" הממוקם בעמק בית שאן.
מספריו:
• אגרות הנצי"ב.
• ברכת הנצי"ב: על המכילתא.
• העמק דבר: על התורה.
• העמק שאלה: ביאור על שאילתות של רב אחאי גאון.
• מרומי שדה: חידושים על הש"ס.
• משיב דבר: שו"ת (ק)

התמונה באדיבות K. Bielawski