אביו: ר' אברהם.
אמו: יאכט.
אשתו: מרים.
בניו: ר' אברהם ור' יצחק.
בנותיו: בילא (בעלה ר' אייזיק בלום) ורעכל (בעלה ר' שלום אולמן [חריף]).
אחיו: ישי יצחק.
אחותו: שרה (בעלה מאיר מרקס שווב).
סבא: ישי (מצד אביו).
מוריו: ר' יעקב יהושע פלק (בעל "פני יהושע"), ר' שמואל זאנויל ווייל.
נולד ב' סיון ה'תפ"ח במחוז הגנטל-לה-בה (צרפת) ועל כן מכונה גם רבי רפאל האגנטל.
נשא לאשה את בתם של שרה ור' אליקים געצל לוי ונסמך על שולחן חותנו בהגנטל-לה-בה.
לאחר פטירת ר' אברהם דרייפוס בשנת ה'תקי"ח מונה במקומו לרב העיר. עמד גם בראש הישיבה המקומית, התעמק בלימוד תורת הנסתר, כתב חידושי תורה וחיבר פיוטים אולם כולם אבדו מלבד פיוט לשמחת תורה. בשנת ה'תקמ"ה עבר לשווייץ והחל לכהן כרב באנדינגן ולנגנאו, כיהן גם כאב"ד [אב בית דין] וניהל את שתי הקהילות בו זמנית, עמד בראשות הישיבה המקומית והנהיג גם את קהילת דיהנגנא הסמוכה.
בשנת ה'תקע"א חלה וביקש את בנו לסייע לו בענייני הקהילה ובשנת ה'תקע"ג השיב את נשמתו ליוצרה.