אביו: ר' יהודה לייב.
אמו: מרת חיה.
אשתו: מרת ליבא.
בניו: ר' בנימין זאב, ר' יוסף, ר' יעקב [יעקבקה], ר' ישראל ור' שמואל (בעל "שיבת ציון").
בנותיו: מרת יארית (בעלה ר' יעקב לנדא), מירל (בעלה ר' יעקב לנדא), מרת פרידא (בעלה ר' יוסף שנבלום – "יוסף הצדיק"), רבקה (בעלה ר' ישכר דב ברזל [בני רבי זלמן ליב]).
סבא: ר' צבי הירש (מצד אביו), ר' אליעזר אב"ד דובנא (מצד אמו).
מוריו: ר' יצחק אייזיק סגל מלודמור ור' משה יעקב מקראקא.
מתלמידיו: ר' אברהם דנציג (בעל "חיי אדם"), ר' אלעזר פלקלש (בעל "תשובה מאהבה"), ר' בצלאל רנשבורג (בעל "שדה צופים"), ר' ברוך יטלס (בעל "טעם המלך"), ר' דוד דייטש (בעל "אהל דוד").

נולד בי"ח חשוון ה'תע"ד בעיר אפטא (פולין).
מגיל צעיר שקד על לימוד התורה ובגיל 11 אביו שכר עבורו מלמד פרטי [ר' יצחק אייזיק סגל]. בגיל 13 עבר לישיבה בעיר ברודי (אוקראינה), ניכר בפקחותו ובנוסף ללימודי הישיבה למד גם תנ"ך [תורה, נביאים, כתובים] עם מפרשיו ואת השפה הגרמנית.
בשנת ה'תצ"ב נשא לאישה את בתו של הגביר ר' יעקב מדובנא ונסמך על שולחנו, במשך כל השבוע שקד על לימוד התורה בבית המדרש ה"קלויז" ורק לשבת שב לבית חותנו. עבר יחד עם זוגתו וחותנו לעיר ברודי והחל ללמוד בסתר גם את כתבי האריז"ל וספרי קבלה אותם הצניע בתיבה מיוחדת [ורק לאחר פטירתו גילו את תוכנה]. התפרסם כבקי בש"ס ופוסקים, הרמב"ם [רבי משה בן מימון], הרי"ף [רבי יצחק אלפסי], הר"ן [רבי ניסים גירונדי] והרא"ש [רבי אשר בן יחיאל], השיב לשאלות הלכתיות שהופנו אליו מכל קצוות תבל ובשנת ה'תצ"ח נענה לבקשת אנשי הקהילה לכהן כדיין באחד מארבעה בתי הדין בעיר בראד. לאחר שקידש שם שמים יחד עם ר' מאיר מרגליות (בעל "מאיר נתיבים") ור' אברהם גרשון מקיטוב [גיסו של הבעש"ט] אמר הבעש"ט [הבעל שם טוב – ר' ישראל] כי לשלושתם פסקו גדולה משמים על שקידשו את שם ה' ברבים ומעתה תרום קרנם.
בשנת ה'תק"ה שב עם חותנו שהחליט לחזור לדובנא וכעבור תקופה קצרה הוזמן לכהן כרב העיר יאמפלה (פולין). ייסד ישיבה אליה נהרו תלמידים רבים, חיזק את המוסדות התורניים, דאג לעניינים החומריים של הקהילה וסייע רבות לעניים, לתלמידי חכמים ולהכנסת כלה. היות ואחדים מעשירי הקהילה לא ראו בעין יפה את דרישתו לתרום סכומי כסף גדולים מעת לעת לצורכי צדקה וחסד לאחר שפסק על אישה מאחת המשפחות העשירות כי אסור לה לדור עם בעלה עוררו נגדו תסיסה והודיעו לו כי הינו מפוטר מכהונתו כרב העיר. לבקשת רבנים ופרנסים מקהילות שונות באירופה פעל בשנת ה'תקי"ב להשקטת המחלוקת בין ר' יעקב עמדין לר' יהונתן אייבשיץ.
בשנת ה'תקט"ו החל לכהן במקום ר' דוד אופנהיים כרב ואב"ד [אב בית דין] בעיר פראג (אז באוסטריה כיום צ'כיה). יסד ישיבה גדולה ששגשגה תחת הנהגתו ומכל אירופה נהרו אליה תלמידים, ארגן שעורים תורניים לבעלי הבתים, שימש כמוהל והשיב לשאלות הלכתיות של רבנים ממקומות שונים. כאשר חיילי גרמניה החלו במצור על פראג לא הסכים לברוח מהעיר, סייע לאנשי הקהילה, הטיל חרם על הפקעת מחירים, תיקן תפילות לניצחון הממשלה ובסיום המלחמה קיסרית אוסטריה הודתה לו על פעולותיו כאשר ביקרה בפראג [לאחר פטירתה אף כתב דרוש הספד בגרמנית].
בשנת ה'תקל"ב הוצע לו על ידי הממשלה לכהן כרב ראשי ליהודים שסופחו לאוסטריה במהלך חלוקת פולין ולמרות רצונו לקבל את התפקיד נענה להפצרות אנשי הקהילה ונשאר בפראג. לבקשת קיסר אוסטריה עמל כ-3 שנים בכתיבת החוברת "חוקי האישות על פי דת משה והתלמוד" בשפה הגרמנית ולאחר שהקיסר עיין בחוברת אישר את המלצותיו וחוק היהודים בענייני אישות נכנס לתוקפו.
בתו (יארית) נישאה לר' יעקב לנדא אולם נפטרה בצעירותה ולאחר פטירתה בתו – מירל, נישאה לר' יעקב לנדא.
איבד את רוב כתבי ידו בשריפה שפרצה בביתו בשנת ה'תקל"ג וכאשר מצא את החלק הראשון מתשובותיו החליט להביאו לדפוס ובשנת ה'תקל"ז הוציא לאור את ספרו "נודע ביהודה". העניק לספר שם זה על מנת להנציח את אביו – ר' יהודה, חילק את הספר חינם לתלמידי חכמים ובשנת ה'תקמ"ג החל בהדפסת הספר "ציון לנפש חיה" [הצל"ח] על שם אמו.
נהג לערוך סיגופים ותעניות וללבוש שק על בשרו, כל לילה לאחר 'תיקון חצות' שכב לישון והניח רק את ראשו על המיטה אולם את שאר גופו על גבי כסאות. התעורר בעלות השחר ללמוד תורה ולהתפלל, למד עם תלמידיו בעמידה וגם בבית הכנסת לא ישב. מי"ז תמוז עד ראש חודש אב לא אכל דבר מן החי ומראש חודש אב עד תשעה באב אכל רק לחם ומים [מלבד בשבתות]. לחג הסוכות חיפש את האתרוג המהודר ביותר ובמהלך כל יום הכיפורים לא ישן כלל והתפלל בקול ובבכי. החרים בפומבי את כת השבתאות ומידי שנה ביום הכיפורים חזר על החרם ולכן נאלץ להתייחס בשלילה ללימוד הקבלה על אף שהיה בקי בתורת הנסתר.
בי"ח חשון ה'תקמ"ה חלה ומפאת אריכות המחלה והוראת הרופאים שלא יביט בשום דבר הצריך עיון החליט בנו (ר' ישראל) לסייע בהבאת ספר הצל"ח לדפוס. כאשר זוגתו נפטרה בשנת ה'תק"ן מרוב צער ויגון לא היה בכוחו להספידה ורק כעבור שבועיים מיום פטירתה קבע יום בכי והספיד אותה ברבים אך מאז גופו נחלש ובריאותו התרופפה ובשנת ה'תקנ"ג חלה ולא היה יכול לדבר במשך יומיים אולם שפתיו רחשו פסוקי תורה וביום שני השיב את נשמתו ליוצרה.
למחרת ביום ל"ג בעומר הובא לקבורה ובהתאם לצוואתו לא הספידו אותו בתואר 'צדיק' או 'חסיד' ולא בנו אוהל על קברו אלא מצבה ללא כתיבת שבחים ותארים.
מספריו:
• אהבת ציון: דרושים (ק)
• דגול מרבבה: על שולחן ערוך "יורה דעה"
• דורש לציון: דרושים שהודפסו ע"י בנו (ק)
• דרושי הצל"ח: דרשות
• מראה יחזקאל: הגהות לתלמוד
• נודע ביהודה: שו"ת (ק)
• ציון לנפש חיה – צל"ח: הערות ופירושים על התלמוד (ק)
• שבח והודאה