אביו: חנניה.
אחיו: ר' אברהם.
סבא: ר' נתנאל (מצד אביו).
נולד במצרים למשפחה המיוחסת למלכות בית דוד.
לא היה ממשפחת 'לוי' ואינו ר' שמואל הנגיד הלוי שהתגורר בספרד ונפטר בשנת ד'תתט"ו.
כונה "אבו מנצור" ושימש כרופאו האישי של הח'ליפה ה – 11 של השושלת הפאטמית במצרים. כיהן כראש ישיבה והנהיג את קהילת היהודים במצרים. הזמין לארמונו את ר' יהודה הלוי שכתב שירים אחדים המפארים ומהללים את הנגיד. בעקבות הלשנה לשלטונות הודח ממשרתו כנגיד יהודי מצרים והיהודי שהלשין תפס את מקומו, אך כעבור 66 ימים המלשין הודח ממשרתו ושוב מינו את רבי שמואל.
ישנה דעות המייחסות לו את חיבור "מבוא התלמוד לשמואל הנגיד".
בשנת ד'תתק"ך השיב את נשמתו ליוצרה.