אביו: כדורי דיבה.

אמו: מרת תופחה.

אשתו: שרה [שצ'ירה] (בזיווג ראשון), דורית (בזיווג שני).

בנו: מזיווג ראשון – ר' דוד.

בתו: מזיווג ראשון – רחל.

אחיו: יחזקאל יוסף.

אחיותיו: חביבה, נעימה, שמחה.

סבתא: עזיזה (מצד אביו).

מוריו: המקובל חכם אפרים זילכה הכהן, המקובל רבי יעקב חיים (בעל "ציצים ופרחים") [בנו של בעל "בן איש חי"], המקובל רבי סלימאן אליהו (בעל "כרם שלמה"), המקובל רבי עובדיה הדאיה (בעל "ישכיל עבדי").

מתלמידיו: המקובל רבי בניהו יששכר שמואלי, ר' יהודה מוצפי, ר' יעקב חי ציון עדס, המקובל רבי יעקב עדס (בעל "דברי יעקב"), המקובל רבי נסים טהרני, המקובל רבי שמואל דרזי.

נולד בט"ז תשרי ה'תרנ"ט [ישנן דעות שונות לגבי שנת הלידה] בעיר בגדד (עיראק) ונקרא "יצחק" על שם יצחק אבינו שהינו האושפיזין בסוכה ביום זה.

למד ב"מדרש בית זילכה" בבגדד וניכר בכושר זיכרונו המופלא. בגיל 17 דרש בפני גדולי התורה בבגדד ובסיום דבריו ביקשוהו לא להרבות בדרשות בעתיד מחשש לעין הרע.

עלה לארץ ישראל ושינה את שם משפחתו מ"דיבה" שפירושו בעירקית "זאב" ל"כדורי". שקד על לימוד התורה בישיבת "שושנים לדוד" בשכונת "בית ישראל" בירושלים, ערך סיגופים ותעניות ונמנע מאכילת בשר באמצע השבוע. מרוב עוני וחוסר תזונה מצבו הגופני התדרדר עד שבקושי עמד על רגליו וכאשר המקובל רבי יהושע שהרבני הבחין בכך הביאו להתגורר בביתו ברובע היהודי בעיר העתיקה של ירושלים ובמשך 3 שנים דאג לכל צרכיו.

לבקשת אמו שב לעיראק אולם כעבור 3 שנים בכ"ז אדר ה'תרפ"ג עלה לארץ ישראל, התיישב בירושלים וכעבור שנה גם אמו עלתה לארץ ישראל.

בי"ב טבת ה'תרפ"ז נשא לאשה את בתו של יחזקאל נקאש והתגורר בדירת חדר ששכר ברחוב בצלאל אשכנזי בירושלים.

בשנת ה'תרצ"ד התקבל לישיבת "פורת יוסף" ושקד בשעות הבוקר והצהריים על לימוד ש"ס, פוסקים וקבלה על פי שיטתו של האר"י [רבי יצחק לוריא אשכנזי] ובהתאם לספרים "עץ חיים" ו"שער הכוונות". אחר הצהריים למד בישיבת המקובלים "בית א-ל" בירושלים ואת תפילת ערבית נהג להתפלל בבית כנסת "שלום מזרחי". כל לילה התעורר לאמירת "תיקון חצות" בבית הכנסת, קרא תהילים בנחת ובשמחה עד עלות השחר והתפלל על חולים, לאחר שנח מעט התפלל בשעה 07:00 תפילת שחרית עם כוונות הרש"ש, אכל מעט והקפיד כל יום ללמוד "חוק לישראל" ודף בתלמוד הבבלי והירושלמי. כל ליל שישי למד קבלה במשך שעות ללא הפסקה יחד עם המקובל רבי אהרן אברהם רפאל חיים סלאטקי, המקובל רבי יהושע שהרבני ומקובלים נוספים בבית כנסת "שושנים לדוד" ובמשך תקופה מסוימת למד עם קבוצה מצומצמת של מקובלים בבית כנסת "אוהל רחל". לפרנסתו עבד בכריכת ספרים וכך התאפשר לו לעיין בספרי קודש רבים וכתבי יד עתיקים ונדירים. אהבתו לספרים היתה עצומה ומאוד הקפיד על איכות עבודתו בהדבקת הדפים וכריכתם בחוזקה, אך היות ומצבו הכלכלי היה דחוק מאוד פעמים רבות לא היה אוכל בביתו ובעל מאפייה מעולי עיראק נהג לשלוח לו פיתות עבור בני ביתו. עבר להתגורר ברחוב פישל ולאחר שייסד עם בנו (ר' דוד) את ישיבת "נחלת יצחק" ללימוד קבלה הלכה למעשה ותפילה על פי כוונות האר"י והרש"ש [המקובל רבי שלום מזרחי שרעבי] עבר להתגורר בדירה בישיבה אולם המשיך באורח חיים פשוט ועד לפטירתו ישן על מיטת ברזל שעליה שני כרים ישנים בלבד.

נודע כבקי בספר ה"זוהר", כתבי האר"י וכל הש"ס עם מפרשיו בעל פה, בקבלה מעשית, כתיבת קמעות, תרופות טבעיות ובשמות של צמחים המסוגלים לרפואה וכונה "זקן המקובלים".

לעיתים קרובות נסע להשתטח על קברי צדיקים, פעמים אחדות טס במסוק וערך תיקונים ותפילות מעל אזורים בארץ ישראל כמו רמת הגולן והעיר העתיקה בירושלים על מנת שיישארו בידי היהודים ולא ימסרו לערבים וזכה לגילוי אליהו הנביא. נהג ללבוש גלימה, בהתאם לקבלה שכך היה לבושם של בני ישראל בכל הדורות ומצנפת שחורה כאות לאבל על חורבן ירושלים. לא אכל בשר, רק בערב יום הכיפורים אכל מרק שהוכן מהעופות של הכפרות ולכבוד סעודת פורים אכל דגים. נהג לעשן סיגריות והסביר שהעישון שלו נעשה על מנת לתקן עניינים רוחניים. את ספירת העומר אמר במשך כשעה וזכר בעל-פה את כל הכוונות של כל לילה. דיבר רבות על הגאולה וציפה לביאת המשיח. הדגיש כי מי שלומד קבלה חייב לחיות בפשטות, לא ליטול כסף עבור מה שפועלים למען הציבור אך רשאים לקבל כסף מהפונים אליהם רק לצורך מוסדות תורה ושלימוד בספר הזוהר מסוגל לזכך את הנשמה ולעורר אותה לעבודת ה' גם אם לא מבינים.

לאחר פטירת מורו (המקובל חכם אפרים זילכה הכהן) בג' תשרי ה'תשי"ז החלו אנשים לבקש שיברך אותם ובשנת ה'תשל"ד לאחר שנשאל לגורלם של מאות חיילים נעדרים ממלחמת יום הכיפורים ולא טעה אפילו באחד החל להתפרסם כבעל רוח הקודש הפועל ישועות. כל יום נהרו יהודים וגויים רבים מארץ ישראל ומחו"ל [חוץ לארץ] לקבל את עצתו וברכתו. את הקמעות שנתן כתב בעטים מיוחדים שהיו מונחים על שולחנו [והמקובל רבי מרדכי שרעבי אמר שבדור הזה יש רק אחד שמותר לו לכתוב קמעות על מנת לעזור לעם ישראל – הרב כדורי!], לעיתים השתמש בעשיית הגורל כשהוא משרטט על גבי נייר קווים ולעיתים רחוקות השתמש במפתח הגורל [ספר מיוחד אליו היה קשור מפתח גדול ולפי תנועתו השיב לשואל] אולם נזהר לא להשביע מלאכים. את כולם קיבל בסבר פנים יפות ובחיוך על פניו, אהב וכיבד כל אדם ואף פעם לא ביקש תשלום כספי. ניכר בענוותנותו, מיעט בדיבור וגם כאשר נשאל על ידי תלמידיו השיב בקיצור או נקב בשם הספר והעמוד בו מבוארת התשובה. מעולם לא הרים את קולו, לא הקפיד ולא כעס על שום עניין וגם כאשר נקלע למצבים מרגיזים נשאר רגוע ומחייך.

בי"ח אייר [ל"ג בעומר] ה'תשמ"ט נפטרה זוגתו (שרה) ונטמנה בהר המנוחות בירושלים.

בשנת ה'תשנ"ג נשא לאשה את דורית בן יהודה.

בשנת ה'תשס"ו אושפז בבית הרפואה "ביקור חולים" בירושלים עקב דלקת ריאות חריפה וזיהום במערכת הדם, על אף הסבל אמר לסובבים שייקחו אותו לביתו כי אנשים מחכים שיברך אותם. לאחר כשבועיים ביקש שעם פטירתו יניחו על עיניו עפר מהר הזיתים ובמוצאי שבת השיב את נשמתו ליוצרה.

מספריו:

•    פתחי עולם

•    קדושת יצחק