אביו: ר' כלב.
אשתו: רחל.
מוריו: המקובל אהרון עזריאל, ר' מנחם בכר יצחק.

הראשון לציון והרב הספרדי הראשון של ארץ ישראל נולד בז' אייר ה'תרט"ז בירושלים. בגיל 15 החל ללמוד אצל המקובל אהרון עזריאל (זקן מקובלי "בית אל") ובגיל 16 נשא לאישה את רחל למשפחת יצחקי. היות ולא רצה להתפרנס מתורתו, עבר להתגורר ביפו התפרנס מחלפנות ובמשך רוב שעות היום שקד על לימוד התורה. בשנת ה'תרל"ט נמנה על מייסדי חברת "ביקור חולים" אשר ייסדה את בית החולים "משגב לדך" בירושלים ושימש כגבאי הראשי של החברה. בשנת ה'תרמ"ב שימש כשד"ר והיה הראשון מבין שלוחי ירושלים שהגיע לבוכרה (אוזבקיסטן). התקין ליהודי בוכרה תקנות בענייני דת ועודד את עלייתם לארץ ישראל. לאחר שחזר משליחותו היה מעורה משנת ה'תרמ"ט באופן התיישבותם של עולי בוכרה בירושלים.
בשנת ה'תרמ"ה יצא בשליחות קהל-המקובלים, למדינות המערב ומשהצליח בשליחותו נשלח שוב ע"י כוללות הספרדים לאותן מדינות. במהלך שליחותו שהה באלג'יר, נתן את הסכמתו לספר "פתשגן הכתב" [תרגום ערבי לספר "מעם לועז"] ובחודש תמוז ה'תרמ"ז חזר לירושלים.
בשנת ה'תרמ"ח נבחר לוועד העדה הספרדית והתמנה כחבר בבית הדין של הרב יעקב שאול אלישר, סייע בהקמת שכונות "ימין משה", "עזרת ישראל" ו"שכונת הבוכרים". הקים אגודה בשם "התאחדות" לקירוב עדות הספרדים והאשכנזים וסייע להקמת בית הרפואה "שערי ציון" ביפו. ייסד יחד עם הרב חיים הירשנזון את חברת "שפה ברורה" אליה הצטרפו מאוחר יותר אליעזר בן יהודה וחבריו בכדי להחיות את הלשון העברית ולהפיצה והיה חבר בהרכב הראשון של ועד הלשון העברית.
לאחר פטירת הרב אלישר, מונה בכ' אלול ה'תרס"ו לרבה של ירושלים אך המינוי עורר התנגדות של חוגים מסוימים שהאשימוהו בנטיה לציונות ושלחו מכתבים אל החכם באשי בקושטא בניסיון למנוע את אישור מינויו. ר' יעקב העדיף למנוע את המחלוקת והתפטר מהתפקיד.
בקיץ ה'תרס"ז הוזמן על ידי ראשי הקהילה היהודית בסלוניקי (יוון) לכהן כרב העיר ובמהלך שנות כהונתו ייסד מוסדות לחינוך הילדים ופעל רבות למען הקהילה. בימי מלחמת העולם הראשונה סייע לשחרורה של ארץ ישראל על ידי הקמת לגיון עברי המורכב מיהודי יוון. שריפה גדולה שפרצה בסלוניקי בשנת ה'תרע"ז וכילתה למעלה ממחצית מהעיר, פגעה גם בספרייתו של ר' יעקב וחידושים רבים שכתב על השולחן ערוך, (חלקים אבן העזר וחושן משפט) נשרפו. ר' מאיר פעל מיידית לסייע לנפגעי השריפה ובאמצעות קשריו עם אנגליה סייע באספקת רופאים ותרופות, מים ועזרה לנפגעים.
בקיץ שנת ה'תרע"ט עזב את משרתו ושב לירושלים. ההכרה הממשלתית במשרת ה'חכם באשי' פסקה ולאחר מאמצים נוסדה הרבנות הראשית לישראל [בט"ז אדר ראשון ה'תרפ"א], ר' יעקב היה הראשון שנבחר לכהן כרב הראשי הספרדי לישראל והוכתר בתפקיד "הראשון לציון". כיהן כנשיא בית הדין הגדול לערעורים ונשיא מועצת הרבנות הראשית שלא על מנת לקבל שכר. סייע לשיקום ישיבת 'פורת יוסף'.
בליל שבת ה'תרצ"ט החזיר את נשמתו ליוצרה ואת מיטתו נשאו עניי ירושלים להר הזיתים.