אביו: ר' צבי הירש [ה"חכם צבי"].
אמו: מרת שרה רבקה.
אשתו: רחל (בזיווג ראשון), שרה (בזיווג שני), בתיה צביה (בזיווג שלישי).
בניו: מזיווג ראשון – ר' אריה יהודה, ר' מאיר, ר' משולם זלמן, וצבי הירש. מזיווג שלישי – יהודא, יוסף, לוי, מרדכי.
בנותיו: מזיווג ראשון – אסתר (בעלה ר' זכרל מענדל אב"ד טישוויץ), רחל. מזיווג שני – נחמה. מזיווג שלישי – חנה.
אחיו: ר' אברהם משולם זלמן (בעל "דברי רב משולם"), ר' אליקים גצל, ר' אפרים מבראדי, ר' דוד מיאריטשוב, ר' משה, ר' נתן מבראדי.
אחיותיו: דבורה, לאה (בעלה ר' ליזרל), מרים (בעלה ר' אריה לייב מאמסטרדם), נחמה (בעלה ר' נפתלי הירץ), פריידה (בעלה ר' יעקב חריף) ורחל (בעלה ר' יצחק אייזנשטאט).
סבא: ר' יעקב ז'ק (מצד אביו), ר' משולם זלמן מירלס נוימרק (מצד אמו).
סבתא: נחמה (מצד אביו).
מוריו: ר' מרדכי כץ ור' צבי הירש (אביו).

נולד בט"ו סיון שנת ה'תנ"ז באלטונה (גרמניה), אביו ערך לו את ברית המילה וקרא את שמו 'יעקב' על שם אביו (ר' יעקב ז'ק).
בגיל 3 החל ללמוד בתלמוד תורה ובגיל 5 כבר היה בקי במסכת ביצה. סבל ייסורים גדולים ממכת שחין, בשנת ה'ת"ע עבר עם משפחתו לאמסטרדם (הולנד) ובגיל 15 נאלץ ללמוד בבית עם שני אחיו הקטנים היות ואביו לא שכר עבורם מלמד מפאת חוסר אמצעים כלכליים. באמצע חורף ה'תע"ד עבר עם אמו ואחיותיו לעמדן (גרמניה) לאחר שאביו החליט לעזוב את כהונתו כרב הקהילה באמסטרדם. למד אסטרונומיה, היסטוריה, מדעים, סגולות צמחים ועשבים, רפואה, דקדוק ושפות: הולנדית, לטינית ועוד אולם התנגד ללימוד פילוסופיה. נודע בבקיאותו בתלמוד, בפוסקים ובקבלה ואחד מעשירי הקהילה רצה להשיא לו את בתו אולם אביו התנגד לשידוך. בהוראת אביו נהג לחתום את שמו – יעב"ץ [ראשי התיבות של שמו – יעקב בן צבי]. בחודש סיון ה'תע"ד נשא לאישה את בתו של ר' מרדכי כץ [בנו של ר' נפתלי כץ בעל "סמיכת חכמים"] ובמשך 3 שנים התגורר בביתו בעיר ברודי (מורביה כיום אוקראינה). לבקשת אברכים ונערים בני עשירי הקהילה לימדם מקרא, הלכות, גמרא, טור אורח חיים ואגדה ועל אף מצבו הכלכלי הדחוק לא נאות לקבל תשלום.
כאשר נודע לו על פטירת אביו עזב את ביתו ונסע בסוף קיץ ה'תע"ח ללבוב (אז פולין כיום אוקראינה). ביום שני ג' שבט ה'תע"ט גם אמו נפטרה ויום למחרת נפטרה אחותו בת השלוש. דאג לשדך את אחיו הקטן ורק לאחר פסח ה'תע"ט שב לביתו אולם כעבור ימים אחדים החל בנדודים על מנת לאסוף כספים שהיו חייבים לאביו ובניסיון למכור את כתבי היד של אביו. במהלך נדודיו נודע לו כי בנו (צבי הירש) נפטר ובשובו לביתו בשנת ה'תפ"ד החל להתפרנס ממכירת צמר יעלים, עיזים ורחלים לאמסטרדם. סוחר שניסה להשתלט על שיווק הצמר לאמסטרדם איים עליו להפסיק את מסחרו וכעבור תקופה קצרה מחיר הסחורה ירד באופן חד. בניסיונותיו למצוא סחורה חדשה לפרנסת ביתו מכרו לו במרמה סחורה גרועה במחיר גבוה, בעצת ידיד עבר את הגבול עם הסחורה ללא תשלום מכס, נתפס והובא לבית המשפט בפרשבורג. לאחר השתדלויות רבות זכה במשפט והצליח למכור את הסחורה. בתקופת שהותו בפרשבורג [ברטיסלאבה] (סלובקיה) התארח בבית מחותנו (ר' משה) שהראה לו כתבי יד של ר' יהונתן אייבשיץ ושאל לחוות דעתו, לאחר עיונו פרסם כי כתבי היד מכילים דברי מינות ואפיקורסות.
בשנת ה'תפ"ט החליט לשוב לעיר מולדתו – אלטונה, בדרכו עבר בעיר עמדן (גרמניה) ושהה בה במהלך חג הפסח. להפתעתו אנשי הקהילה מינו אותו לרב ואב בית הדין ועל שמה קיבל את הכינוי "עמדין". בתחילת קיץ ה'תפ"ט זוגתו וילדיו הצטרפו אליו אולם היות וכל בני ביתו סבלו ממצב בריאותי לקוי בתקופת שהותם בעמדן עבר בסוף שנת ה'תצ"ב לאלטונה למרות הפצרות אנשי הקהילה להישאר בעמדן. שכר מלמד שילמד את ילדיו בבית ולפרנסתם זוגתו עסקה במתן הלוואות לגויים. בחודש כסלו ה'תצ"ג נולד להם בן וגם לו העניק את השם 'צבי הירש' על שם אביו אך בהגיעו לגיל 7 נפטר, לאחר מכן נולדה להם בת בעלת מום ובתוך 30 יום נפטרה. בראש חודש תמוז ה'תצ"ט נפטרה זוגתו, כשבוע לאחר שילדה בת נוספת ועל כן קרא לבת 'רחל' על שמה אולם כעבור חודשים אחדים נפטרה אף היא.
בראש חודש ניסן שנת ה'ת"ק נשא לאישה את שרה ונולדו להם תאומות אולם אחת מהן נפטרה בגיל 6. בת נוספת שנולדה להם ובן נפטרו טרם מלאו להם שנה. בחורף שנת ה'תק"ג כל בני ביתו חלו, הרופאים נואשו לחייו אך לפתע הבריא [על-כן נהג שנים אחדות לערוך סעודת הודיה במוצאי שבת פרשת שירה] ובראש חודש אדר זוגתו נפטרה.
בח' אייר ה'תק"ד נשא לאישה את בת אחיו (ר' אפרים) ולפרנסתם ייסד בית דפוס. כתב יותר מ-60 ספרים והדפיס את רוב ספריו. נולד להם בן (מרדכי) שנפטר בח' חשון ה'תק"ח בגיל שנה וחצי ובח' חשון ה'תקי"א נולד להם בן נוסף (יהודא). הדפיס והפיץ חוברות וקונטרסים נגד ר' יהונתן אייבשיץ ובעקבות המחלוקת שעוררה ויכוחים קשים בין רבני גרמניה, הולנד, פולין, צרפת וארצות אירופה אחרות נאלץ בסוף אייר ה'תקי"א לברוח לבדו במוצאי שבת לבית גיסו (ר' אריה לייב) באמסטרדם, לאחר שהשלטונות הודיעו כי יענישו את הנוגעים בו ובמשפחתו חזר באמצע חודש אב ה'תקי"ב לאלטונה וקיבל רשות מטעם ראשי הקהילה לקיים מניין מתפללים בביתו היות ומצב בריאותו לא אפשר לו להגיע לבית הכנסת המקומי. בן נוסף שנולד להם (לוי) נפטר בקטנותו בי"ח אב ה'תקי"ד ובשנת ה'תקכ"ג נודע לו כי בתו (אסתר) נפטרה.
רצה לעלות לארץ ישראל ולהתגורר בירושלים, מקום קבורת סבו (ר' יעקב ז'ק) וחיפש קונה יהודי לביתו היות ובכתליו היה חקוק שם ה' אולם העניין נמשך זמן רב וביום שישי שנת ה'תקל"ו שכב על ערש דווי, לפתע קרא 'ברוך הבא אבא מורי, ברוך הבא רבי יהונתן' והשיב את נשמתו ליוצרה.
[כאשר אנשי החברא קדישא הגיעו לבית הקברות מצאו מקום פנוי בריחוק של קברים אחדים מקברו של ר' יהונתן אייבשיץ ופנו בשאלה לר' יחזקאל הלוי לנדא (בעל "נודע ביהודה") שפסק כי אם לפני פטירתו הגיע אליו ר' יהונתן, משמע שהצדיקים השלימו בעולם העליון ועל כן הינם רשאים לקוברו בסמוך].
מספריו:
• אגרת בקורת (ק)
• אגרת שום
• אם לבינה ואם למסורת: על תנ"ך
• בדק הבית והמגדל
• בית יהונתן הסופר (ק)
• בית יעקב: סידור תפילה (ק)
• בית מדות
• גלעד: על התרגום
• הלכתא למשיחא
• הקשורים ליעקב: דרשות (ק1/ק2/ק3)
• התאבקות
• זכרון בספר
• יציב פתגם: הספד על אביו (ק)
• יקב זאב
• לקוטי אורות: קבלה
• לחם נקודים
• לחם שמים: על המשנה (ק1/ק2/ק3/ק4)
• מגדל עוז וברכות שמים: מוסר (ק)
• מגלת ספר (ק)
• מגלת פורים
• מור וקציעה: על אורח חיים (ק1/ק2)
• מטפחת סופרים
• מטפחת ספרים: על הזוהר (ק)
• מלחמת תנין ואגרת פורים
• משנה לחם: על משניות
• משכנות יעקב: על מדרש ילקוט
• משפט שלום (ק)
• סדר עולם (ק)
• עדות ביעקב
• עמודי שמים: סידור (ק1/ק2/ק3)
• עץ אבות: על מסכת אבות (ק)
• עקיצת עקרב (ק)
• עקרב בית הבודה
• פתח עינים
• ציצים ופרחים: קבלה (ק)
• ציצת נובל
• צעקת דמים וחסן כפון
• קולן של סופרים
• רסן מתעה
• שאגת אריה: הספד על גיסו מאמסטרדם (ק)
• שאילת יעב"ץ: שו"ת (ק)
• שבירת לוחות האון (ק)
• שמוש (ק)
• שמש צדקה: דרוש על חתונתו (ק)
• שערי שמים: סידור (ק)
• שפת אמת ולשון זהורית (ק)
• תורת הקנאות (ק)
• תשובות המינים