אביו: ר' יוסף דוד [השני].
אשתו: מזל.
אחיותיו: ג'מילה (בעלה ר' מרדכי אמוזג), חנה (בעלה ר' שמואל בן קיקי).
סבא: ר' יששכר (מצד אביו).
נולד בשנת ה'תרמ"ד בטבריה (ישראל) והינו דור שביעי לר' חיים אבולעפיה [השני] (בעל "עץ החיים").
מילדותו שקד על לימוד התורה ובבגרותו למד בישיבה בטבריה.
נשא לאשה את בתם של בת שבע ור' אברהם עזריאל מירושלים.
לאחר פטירת ר' אהרן בכור אלחדיף (בעל "מפי אהרן") בט"ז אב ה'תרס"ט פרצה מחלוקת קשה בעיר אודות מינוי מחליפו בין תומכיו לבין מחנה תומכיו של ר' אברהם עבאדי שהיה יד ימינו של ר' אהרן בכור אלחדיף, בה היו מעורבים גם הראשון לציון רבי נחמן בטיטו ששימש גם כ"חכם באשי" של האימפריה העותומאנית, ר' חיים נחום אפנדי שכיהן כראש רבני טורקיה וכן אנשי הקהילות בחיפה, בעכו ובצפת. לאחר מאבקים קשים וחריפים ר' חיים נחום אפנדי מינה אותו בשנת ה'תרע"א ל"חכם באשי" בטבריה. אך בתחילת שנת ה'תרע"ג התפטר ממשרתו כ"חכם באשי" ובחודש אדר שני ר' חיים נחום אפנדי מינה את ר' חיים אלחדיף (בעל "יצב גבולות") לכהן במקומו כרב ראשי ו"חכם באשי" בטבריה. רוב אנשי הקהילה התנגדו למינוי והכריזו עליו חרם ולאחר שר' חיים נחום אפנדי שלח את ר' חיים יצחק שאקי לבדוק את המצב הוחלט שר' חיים יששכר אבולעפיה שאף המוסלמים הביעו את תמיכתם בו ישוב בחודש חשוון ה'תרע"ד לכהן כ"חכם באשי" בטבריה.
שימש כחבר בבית הדין יחד עם גיסו – ר' שמואל בן קיקי (בעל "מערכות שמואל"), ר' יעקב הכהן סקלי ור' יעקב חי זריהן (בעל "אהל יעקב"). על מנת לסייע ליהודים לרכוש קרקעות בטבריה רשמו על שמו מגרש בן דונם בצמוד לקבר הרמב"ם [רבי משה בן מימון] שנרכש מכספי העדה הספרדית בעיר וכן שטח של 80 דונם בצפון טבריה שנרכש בשנת ה'תרע"ד על ידי אגודה מקומית [עליו נבנתה שכונת "קריית שמואל"], היות והחוק העותומאני אסר על בעלות פרטית של חברות או אגודות על קרקע.
נכלא בירושלים באשמת בגידה לאחר שנציגי הממשל העותומאני מצאו בביתו בולים ציוניים בעקבות הלשנות מצד מתנגדיו. בהשתדלות של עורך הדין ר' יוסף חי פאניז'יל והראשון לציון רבי יהודה משה פרנקו אצל הפחה שוחרר ממאסר והעמדתו למשפט צבאי נמנעה אולם נאסר עליו לשוב לטבריה. עם הכיבוש הבריטי משרתו כ"חכם באשי" בוטלה בתחילת שנת ה'תרע"ט ומאז פעל בטבריה כאיש ציבור בעיקר בענייני הדת, כיהן כראש העדה הספרדית והיה פעיל בארגון "ההגנה".
בשנת ה'תש"ל חלה וביום שישי השיב את נשמתו ליוצרה.