אביו: ר' מאיר.
חתנו: ר' מנחם מאניש.
מוריו: ר' מאיר (אביו), ר' יהושע (בעל "מגיני שלמה"), ר' העשיל, ר' נתן נטע שפירא (בעל "מגלה עמוקות").

נולד בשנת ה'שפ"ד בעיר אמסטיביו (פולין).
בילדותו למד אצל אביו ובגיל 12 החל ללמוד בישיבה של ר' יהושע. יחד עם רבו נסע לקראקוב ללמוד בישיבה שפתח שם ר' יהושע ולאחר מכן נסע ללמוד אצל ר' העשיל מקראקא והתגורר בבית ר' נתן נטע שפירא (בעל "מגלה עמוקות"). בהגיעו לווילנה התפרסם כאחד המלומדים הגדולים ונשא לאישה את בתו של ר' בנימין זאב טויבר שהיה חתנו של המהרש"א ושימש כפרנס של ווילנה. ר' בנימין (חותנו) דאג לכל צרכיו על מנת שיוכל לשקוד על לימוד התורה ור' שבתאי מונה כדיין בווילנה.
בגיל 24 כתב את ספרו "שפתי כהן" שקיבל את הסכמתם של 18 רבנים מגאוני התקופה, ביניהם התיו"ט.
כאשר הקוזקים הגיעו לווילנה והחלו לערוך פוגרומים ביהודים, הצליח בכ"ד תמוז ה'תט"ו לברוח ללובלין, אולם הקוזקים הגיעו ללובלין בחג הסוכות ושוב נאלץ לברוח לעיר דאזניץ (צ'כוסלובקיה) ומונה לרב הקהילה. כאשר התפנה כסא הרבנות בעיר הלישוי (מוראביה) פנו פרנסי העיר לר' מנחם מנדל קרוכמל (רב המדינה) בשאלה האם ר' שבתאי ראוי לכהן כרבם. כאשר הגיע המכתב התארח בביתו ר' העשיל ור' מנחם מנדל הראה לו את המכתב. ר' העשיל השיב לו כי עליו לפנות את מקומו בניקלשבורג וללכת במקומו להלישוי ואת התשובה הנ"ל מסר ר' מנחם מנדל לפרנסי העיר. הללו הזדרזו וקיבלו את ר' שבתאי כרבם.
למרות גילו הצעיר של ביחס לט"ז סתר חלק מדבריו בספרו "נקודות הכסף". חיבורו "שפתי כהן" נדפס סביב "שולחן ערוך" של ר' יוסף קארו וגדולים פירשו את דבריו, ביניהם ר' יוסף תאומים (בעל "פרי מגדים") ור' יעקב מליסא (בעל "נתיבות המשפט").
הציע להנהיג את יום כ' סיוון בו הרגו את קדושי נמירוב ליום תענית ואבל.
בשנת ה'תכ"ב השיב את נשמתו ליוצרה.
מספריו:
• גבורת אנשים (ק)
• דרוש יקר (ק)
• כתר כהנה (ק)
• מגילה עפה: על מעשי הרצח של הקוזקים באוקראינה.
• נקודות הכסף: בו משיג על הט"ז.
• פועל צדק: קיצור תרי"ג מצוות לפי דעת הרמב"ם.
• שפתי כהן: על יורה דעה ועל חושן משפט.
• תקפו כהן: על דיני תפיסה.