אביו: ר' צבי הירש.
אמו: מרת מרים.
אשתו: מרת לאה (בזיווג ראשון), מרת טאבה (בזיווג שני).
בניו: ר' אריה לייב (בעל "פני אריה"), ר' בער, ר' נתן (בעל "שארית נתן").
בתו: מזיווג ראשון - הילדה גיטל.
סבא: ר' שמואל (מצד אביו), ר' אברהם הלוי (מצד אמו).
מוריו: ר' שמואל (דודו), ר' גבריאל מניקלשבורג ור' חיים רייצעס.
מתלמידיו: ר' נתן מאז.

נולד בכ"ח כסלו שנת ה'תמ"א בכפר ווענדזימשל [סמוך לעיר ריישא - ז'שוב] (פולין) ונקרא 'יהושע' על שם אביה של סבתו מצד אמו [ר' יהושע חריף בעל "מגיני שלמה"], את השם 'יעקב' הוסיפו לו כסגולה לאריכות ימים לאחר שחלה.
מילדותו ניכר בכישרונותיו, למד בעיר רישא עם אחי אמו [ר' שמואל אב"ד ריישא] ובנעוריו שקד על לימוד תורת הנגלה והנסתר בישיבת ר' גבריאל [רבה של ניקלשבורג] בקראקא.
נשא לאישה את בתם של הגביר ר' משה שלמה לנדא סגל והרבנית רייזל (בתו של ר' שמריל כץ), התגורר בביתם בעיר לבוב (כיום אוקראינה אז בשליטת פולין), מונה למפקח על ההוראה בלבוב, נבחר לפרנס הקהילה וייסד בבית חותנו ישיבה אליה נהרו תלמידים מכל העיר. ביום חמישי ג' כסלו ה'תס"ג התפוצצו חביות של אבק שריפה בלבוב וכתוצאה מקריסת ביתו על יושביו נהרגו אשתו, בתו הקטנה, חמותו ואביה. כאשר שכב תחת ההריסות נדר כי אם יצא לשלום מתחת להריסות ישקוד על לימוד ההלכה, סוגיות הש"ס והפוסקים ולפתע ההריסות החלו לזוז מעליו ונעשה לו שביל דרכו יצא ללא כל פגע.
נשא לאישה את בתם של ר' יששכר בער והגבירה מייטל, שהייתה בעלת עושר רב. עבר להתגורר בעיר קארוב [סמוכה ללובלין] וכיהן כרב הקהילה, שקד על לימוד התורה 18 שעות רצופות כל יום, למד את הש"ס 36 פעמים כמניין החללים שנספו בלבוב והחל בכתיבת הספר "פני יהושע". זוגתו הייתה למדנית ולעיתים כאשר עסק בתורה העירה את הערותיה.
בשנת ה'תס"ו כיהן כרב הקהילה בריטשוואל אולם לאחר שגילה ופרסם כי פרנסי הקהילה גוזלים את העניים נאלץ בשנת ה'תס"ט לעבור ללוקאווא. חמותו השתדלה עבורו שיתקבל לאב בית הדין בעיירה טארלא והקימה בית מדרש על שמו.
בהתאם להוראת ר' צבי אשכנזי ("חכם צבי") מונה ע"י אנשי קהילת ליסקא לרב הקהילה. בב' אלול ה'תע"ח נבחר לרב הקהילה בטיקטין אולם לאחר פטירת ר' צבי אשכנזי ("חכם צבי") בחודש אייר ה'תע"ח מונה בהשתדלות חמותו למלא את מקומו כרב קהילת לבוב וייסד ישיבה גדולה אליה נהרו מכל רחבי פולין. בי"ז תמוז שנת ה'תפ"ב קרא להחרים ולנדות את הנגררים אחרי תנועת השבתאות ועקב רדיפות מצד נכבדי ועשירי הקהילה שהתנגדו לרבנותו עבר להתגורר בעיר בוצ'אטש, בי"א תמוז ה'תפ"ד קיבל תעודה מתושבי העיירות בגליל לבוב המאשרים את רבנותו על כל גליל לבוב ומביעים את צערם על הפגיעה בכבודו מצד אנשי לבוב אולם בעקבות הלשנות מתנגדיו נאלץ להסתתר מהשלטון שנים אחדות.
בשנת ה'ת"ץ מונה לאב"ד ורב הקהילה בברלין (גרמניה) אך לאחר שחייב אחד מעשירי העיר בדין תורה נאלץ בעקבות הצקותיו להתפטר מתפקידו. בשנת ה'תצ"ד מונה לרב הקהילה במיץ במקום ר' יעקב ריישר (בעל "שבות יעקב") ובשנת ה'תצ"ט הדפיס לראשונה את ספרו "פני יהושע".
בשנת ה'תק"א מונה לרב הקהילה ואב בית הדין בפרנקפורט (גרמניה). ייסד ישיבה אליה נהרו המוני תלמידים. כתב חידושים רבים בכל מקצועות התורה, החל בכתיבת ספר אודות מנהגי ישראל בו הוכיח כיצד נרמזו בתורה כל מנהגי חז"ל אולם משמים הפסיקו את כתיבתו בפרשת נח היות ואם היה ממשיך היה מקרב את ביאת המשיח ע"י חיבור זה והמגיד מקוז'ניץ אמר שרוח הקודש הופיע בבית מדרשו לכוון לאמיתה של תורה. בעקבות הסכסוכים שנתגלעו בקהילות אירופה בגין המחלוקת נגד ר' יהונתן אייבשיץ עזב ביום ראשון כ"ב אלול ה'תק"י את פרנקפורט והתכונן לעלות לארץ ישראל ולהתגורר בירושלים עד לפטירתו.
הזהיר את בניו שלא לעסוק בקבלה, בירך את נכדו שיזכה להעמיד י"ב שבטים ובת אחת וכך היה וציווה שלא להספידו. בשנת ה'תקי"א עבר לוורמיזא [וורמס] ויחד עם רבני מיץ ואמסטרדם הטיל חרם על ר' יהונתן אייבשיץ, אירח בביתו את החיד"א, שקד על לימוד התורה והתפרנס מעסקים שזוגתו ניהלה.
בחודש ניסן ה'תקי"ד שב לפרנקפורט אולם בעקבות מחלוקת בין ראשי הקהילה עבר להתגורר באופנבך (גרמניה) ובשנת ה'תקט"ז סמוך לכניסת שבת השיב את נשמתו ליוצרה, ביום ראשון הובא לקבורה בפרנקפורט.
מספריו:
• מנחת עני: חידושים
• פני יהושע (ק1/ק2/ק3)
• שו"ת