אביו: ר' אלימלך שפירא מגרודזיסק.אמו: חנה ברכה.אחיו: ר' ישעיהו.אשתו: חיה רחל.בנו: ר' אלימלך בן ציון.בתו: רעכיל יהודית (בעלה ר' יחזקאל הכהן רבינוביץ).סבא: אדמו"ר רבי חיים שמואל מחנצ'ין.
נולד ביום שני י"ט אייר ה'תרמ"ט בגרודזיסק מזובייצקי (פולין) ונקרא "קלונימוס קלמיש" על שם סבו מצד אמו (בעל ה"מאור ושמש"). בגיל צעיר התייתם מאביו.בשנת ה'תרס"ה נשא לאישה את בתו של ר' ירחמיאל משה הופשטיין מקוז'ניץ. בשנת ה'תרס"ט הוסמך לרבנות ובשנת ה'תרע"ג החל לכהן כרב הקהילה בפיאסצנה [עיירה קטנה מדרום לוורשה] (פולין). בשנת ה'תרפ"ג ייסד בוורשה את ישיבת 'דעת משה' וכיהן כראש הישיבה במקביל לאדמו"רות בפיאסצנה.במהלך מלחמת העולם השנייה שהה בגטו ורשה ועבד בבית החרושת "שולץ". בהפגזות על הגטו נהרגו בנו, כלתו ודודתו אולם ר' קלונימוס קלמיש העדיף להישאר עם חסידיו בגטו וסירב להצעות בריחה שונות שהופנו אליו. אמו נפטרה בגטו ובגירוש למחנה ההשמדה טרבלינקה שנערך בשנת ה'תש"ב נספתה בתו.פעל רבות על מנת לאפשר את קיום המצוות בגטו ואת דרשותיו העלה על הכתב, לאחר המלחמה כתביו נמצאו והתפרסמו בספר 'אש קודש'. בשנת ה'תש"ג גורש עם היהודים שנותרו בחיים לאחר מרד גטו ורשה למחנה הריכוז טרווניקי וביום שלישי שנת ה'תש"ד נרצח יחד עם שאר יהודי המחנה במסגרת מבצע "חג הקציר" שנערך ע"י האס אס.מספריו:• אש קודש (ק)• בני מחשבה טובה• דרך המלך• הכשרת האברכים• חובת התלמידים (ק)• מבוא שערים