אביו: ר' יעקב.אשתו: רחל.בניו: ר' אריה יהודה ליב, ר' יחזקיהו.בנותיו: אסתר (בעלה ר' יצחק הלוי שולהוף), יוטא (בעלה ר' זכריה מנדל קלויזנר מקראקא), נחמה (בעלה ר' יעקב אשכנזי ז'ק).סבא: ר' אפרים (מצד אביו).סבתא: ולנטינה (מצד אביו).מורו: ר' משה לימא (בעל "חלקת מחוקק").מתלמידיו: ר' צבי הירש אשכנזי [בעל "החכם צבי"] (נכדו מבתו).
נולד בשנת ה'שע"ו בווילנה (ליטא), נקרא על שם סבו [ר' אפרים פיש שכיהן כרב האשכנזי הראשון בירושלים] והיה בידו כתב ייחוס מצד אביו עד אהרן הכהן.עסק בתעניות וסיגופים ושמונה פעמים במשך השנה צם ממוצאי שבת עד כניסת שבת שלאחריה אך עם זאת המשיך לשקוד יומם ולילה על לימוד התורה ופניו היו מאירים.נשא לאישה את בתו של ר' אליהו [נכד של רבי אליהו בעל שם הזקן] ובגיל 20 לערך החל לכהן כדיין בווילנה יחד עם ר' אהרן שמואל קאיידנובר (בעל "ברכת הזבח") ור' שבתי הכהן (בעל "שפתי כהן"). כעבור 20 שנה נמלט עם משפחתו בעקבות פרעות שהתחוללו בשנת ה'תט"ו. התיישב בעיר טשרביץ' שבמעהרין [מורביה] (צ'כיה), ייסד ישיבה וכיהן כרב הקהילה במשך 6 שנים. כאשר שוב פרצה מלחמה ברח לפראג (צ'כיה) ולימד תורה בבית המדרש, עבר להתגורר בבית מחותנו [הגביר ר' קאפיל הלוי] בעיר ווינה (אוסטריה) ובשנת ה'תכ"ו עבר להתגורר בעיר אובודה [אובן ישן - בודפשט] (הונגריה). מונה לרב ואב"ד [אב בית דין], ייסד ישיבה אליה נהרו תלמידים רבים ועמד בראשה. נודע בחסידותו ובכושר זיכרונו המופלא, התפרסם כגאון בכל התורה והשיב לשאלות הלכתיות שהופנו אליו מאיטליה, גרמניה, הונגריה וישראל.בשנת ה'תל"ח הוזמן על ידי עדת האשכנזים בירושלים לכהן כרב הקהילה ודחה את ההזמנה עד לאחר סיום כתיבת חיבוריו. זמן קצר לאחר מכן פרצה מגיפה בעיר אובודה ובנו (ר' יחזקיהו) שהיה בגיל 30 נפטר מהמגיפה בכ"ח אייר ה'תל"ח. במהלך ימי השבעה גם בנו הצעיר (ר' אריה יהודה ליב) נדבק במגיפה וכאשר הבחין כי בנו גוסס התעטף בטלית והתפלל 'אנא השם יהי נפשי תחת נפש בני ידידי יחידי בן זקונים הוא לי הקשיבה נא ועשה. מי ייתן מותי תחתיך בזכות יצחק אבינו הנעקד כשה'. כעבור ימים אחדים ציווה את בנו שהחל להחלים כי ידפיס את כתביו וביום שישי השיב את נשמתו ליוצרה.מספריו:• מחנה אפרים [אבד]: על התורה• שער אפרים: שו"ת (ק)