אביו: ר' דוד.אשתו: חנה.בנו: ר' דוד.מוריו: ר' שמואל קוסטא, ר' יהודה ישראל ור' משה גלאנטי (המג"ן).מתלמידיו: ר' יצחק כהן (בעל "בתי כהונה"), ר' ישעיה אזולאי [סבו של החיד"א], ר' ניסים שלמה [השני] אלגאזי.
נולד בשנת ה'תי"ט בליוורנו (איטליה).עלה לארץ ישראל בגיל 20 והתיישב בירושלים. בגיל 22 נשא לאישה את בתו של ר' רפאל מרדכי מלכי מירושלים. לאחר החתונה המשיך ללמוד בישיבה, עמל בתורה יומם וליל והתעמק בהלכה. לאחר פטירת רבו (ר' גאלנטי), נתמנה לר"מ במקומו.נודע כמקובל גדול, חיבר דרושים לפי חכמת הקבלה אך צווה לגנוז אותם, בשנת ה'תנ"ג ייסד את ישיבת "בית יעקב" בירושלים ובחר לעצמו דרך עצמאית בלימוד. הרבנים במצרים אסרו ללמוד או לקרוא בספריו ושיקעו בבנין את הספרים שהיו במצרים כיון שכתב על הבית יוסף שטעה ודיבר תועה על גדולי ישראל. אותה עת שהה ר' חזקיה באירופה ולא ידע על גזירת רבני מצרים. כששב לארץ ישראל, נודע לו הדבר ולאחר ימים אחדים בשנת ה'תנ"ח כתב את חידושיו על הלכות גיטין ובעת שכתב בסוף סימן קכ"ו "ראיתי להאריך ולבאר מה נקרא שעת הדחק והעיגון" השיב את נשמתו ליוצרה. גדולי תורה ביטלו את האיסור בהסכמת ר' אברהם הלוי האב"ד במצרים. בשנת ה'תס"ו הביא בנו לדפוס באמסטרדם את ביאוריו. לאחר שבעל "אור החיים" הקדוש כתב את הספר "פרי תואר" בו הינו משיג על ה"פרי חדש", השתטח על קברו וביקש מחילה.מספריו:• מים חיים: חידושים על הש"ס• דרושים על התורה• פרי חדש: על שולחן ערוך (ק)
ירושלים: הר הזיתים - בחלקת חסידים, בגוש הספרדי העתיק.(בסמוך ציוני זוגתו-חנה, ר' אברהם גרשון מקיטוב, ר' חיים בן עטר).