אביו: ר' מנחם נחום.
בנו: ר' שמואל [אב"ד מאצ'וב].
מתלמידיו: ר' אלעזר רוקח.

נולד למשפחה עשירה, יומם ולילה עסק בתורה ובגמילות חסדים ובכל הלילות לא כבה הנר בביתו.
נהג לומר כי המסכתות בש"ס מתחילות בדף ב' ולא בדף א' לרמוז כי אף אם הגית בתורה יומם ולילה, אל תחזיק טובה לעצמך היות ועדיין לא למדת את ה – א'.
צדיקי דורו אמרו כי המקובל ר' חיים צאנז, ראש חכמי הקלויז בברודי (אוקראינה) היה מניצוץ של ר' יוחנן בן זכאי.
בשנת ה'תקמ"ג השיב את נשמתו ליוצרה.